共 本書《卑南遺址發掘1986~1989》是繼2004年底正式出版的《卑南考古發掘1980~1982》之後，在臺大校方補助下，筆者將1986年至1989年間卑南遺址各期次發掘及初步整理的相關工作成果報各儘快重新彙整編輯而成。在這期間，我們一共在卑南新站鐵路用地內又進行了五次後續的遺址搶救發掘，亦即臺大考古隊的卑南遺址第9~13次發掘，以及最後一次，在當時國家博物館預定地「卑南文化公園」內的考古發掘工作。
由於已有先前8期次的遺址發掘工作及對發掘資料的初步整理經驗與認識，加上後來遺址現場的工作條件比先前8次發掘已略有改善，後續進行的這幾次發掘工作也因此比較順利。除了更能掌握、處理發掘出來豐富又多樣的遺址埋藏資料，以順利達成被委託的計畫工作之外，更能協助地方政府與中央政府主管單位劃定一級古蹟的合理保存範圍(參見《卑南考古發掘1980~1982》書後附錄：卑南遺址搶救考古發掘始末)。另外，我們也曾以學術專業協助地方文化中心進行相關展示工作。最重要的是，我們能更有效的搶救與採集到發掘範圍內的考古資料。因此這幾次發掘的面積雖然比前8次相對地減少很多，攜帶回本系的考古標本也比之前的少得多，但所收集考古資料，特別是重要的考古系絡資料，卻相對的更多、更扎實。而最重要的改進是，我們再發掘工作進行同時，也依序完成工作計畫的成果報告。這並不是委託單位要求的。
前述已出版的《卑南考古發掘1980~1982》一書中，主要是報告卑南遺址第1次到第8次發掘所認識的遺址推積，與文化層出土的當時社會日常生活所使用工、器具等遺物，並據以復原、討論約五、六千至二千年前新石器時代社會的文化特徵。限於篇幅的關係，報告中並未涵蓋到卑南遺址最特殊的石板棺墓葬資料。這是因為受到時間、人力、人才與經費等條件限制的關係，這一部分的整理研究成果還沒到達可以出版的水準。但自1986年暑期起到1988年底之間所進行的第9~13次搶救發掘，筆者所規劃、進行並完成了二部發掘工作成果報告，即《卑南遺址第9~10次發掘工作報告》(1987年7月)及《卑南遺址第11~13次發掘工作報告》(1988年12月)。每部報告都各包括有完整的章節：序、前言、發掘範圍遺址堆積、文化層出土遺物、家屋等建築遺留、墓葬、結論、引用書目，最後附或未附英文摘要。兩部報告都是已具有一定水準的遺址發掘報告。
