《南華真經正義》為陳氏見世著作中,唯一有系統性的注解《莊子》之著作,其作與同時期的莊子注疏家比較,陳氏之作以詮解《莊子》義理為主,與清代漢學風氣之影響,學者多以訓詁方法解《莊》,及晚清集大成之風氣,學者多搜羅眾家注解匯為一編,而少有自身之意見不同,陳氏在此學術氛圍之下,以詮解《莊子》之義理為進路,是相當獨特的。
而《南華真經正義》之注解特色乃援引多家思想來詮解《莊子》,約有四家思想風貌呈現於其注解之中,分別為老子思想、道教思想、佛教思想、儒家思想,而後又歸宗於老子思想,陳氏援引多家思想來作注解,也顯示出晚清時期集大成風氣之特色。