法鼓山的祖廟是釋東初老和尚創建的農禪寺與中華佛教文化館。農禪寺建造於1971年，以禪修為主、務農為生，於1975年定名為「農禪寺」。當時，東初老人推動台灣佛教文化、培養佛教人才，並每年皆舉辦冬令救濟活動。

1977年，聖嚴法師接任中華佛教文化館與農禪寺住持，除承繼東初老人之志業之外，更將佛法簡化為國人能夠理解、接受與運用的觀念及其修行法門，接著展開弘法利生的大菩薩行儀。隨後由於農禪寺與中華佛學研究所信眾與學生與日俱增，遂於1989年因緣購得今新北市金山區三界裡的一塊土地，聖嚴法師將之命名為「法鼓山」，故以「法鼓山」為名之成立財團法人，從事社會教化，心靈輔導及關懷弱勢等公益活動。

2006年，聖嚴法師傳方丈之位予果東法師。2018年，果東法師傳位予果暉法師。
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