1980年代，倪再沁以油畫進入藝壇，之後則改繪水墨畫，以本土風光主題創作一系列的現代水墨畫。另一方面，倪氏以其別具開創性地本土藝術評論崛起於高雄市。。1991年，倪氏於《雄獅美術》發表一系列關於「台灣美術主體性」探討的藝術批評文章，引發美術圈的軒然大波及兩年多的論戰，使倪氏成為藝術界頗受矚目的焦點人物。同時，倪氏積極發起、參與南台灣的藝文及環保活動，諸如柴山自然公園促進會、文化愛河促進會等，促成仁愛公園的復建及上遊河岸的綠化工程，並為以往被稱為「文化沙漠」的高雄市注入活水。

公職方面，1997年8月倪氏獲選為台灣省立美術館館長，於任內推動諸多體質改善計畫，包括展覽、典藏及館舍建築體之改造，使省美館之形象為之一變。任內歷經1999年改制為國立台灣美術館後，休館並啟動館舍整建工程。為整建而請爆破藝術家蔡國強炸毀台灣美術館的行動爆破藝術更堪稱任內經典。

在教學生涯方面，倪再沁遲至1995年方獲得靜宜大學教職，由高雄市遷往台中市。2000年十月卸任國立台灣美術館館長後，先赴佛光大學藝術學研究所任教。2001年轉任東海大學美術系主任暨研究所所長，2004年任文學院院長，2007年出任創意設計暨藝術學院院長。

藝術創作方面，倪再沁80年代後期從南台灣出發，為90年代以來台灣文藝界之巨擘，先後擔任諸多重要職務及獲得多次榮譽獎勵。

90年代中，倪再沁開始以「報紙」為系列創作作品；其中「沁報」最為有名，以「打著媒體反媒體」的顛覆概念和揶揄手法再現了台灣媒體亂象，深沉批判了媒體霸權。

2002年，初做雕塑，著名作品為《台北怪談》，其大膽而帶有諷刺意味的作品，旋即在媒體與校園引起騷動。此作品同時也反映了倪再沁自己對於時代的感受：「在這個荒謬、迷狂的時代，我們實在無能為力，除了還以荒謬、迷狂，除了荒淫、嬉笑之外，還能怎麼樣？」。而後一系列的《紐約怪談》、《倫敦怪談》、《東京怪談》等則是針對性地揭露了歐美日當代藝壇在製造話題、製造商品、製造明星……等，也不斷混淆模糊了原創、引用、挪用、抄襲、仿製之定義和邊界的文化異象。

2006年發表的《原作重現》則是針對中國畫史特有現象而發想的系列近作，利用數位科技將歷代名作的題跋及用印清除，讓名畫「原作重現」，可說是用「減法」消除古畫原作上的人為增添物，反而比真跡更為接近當初藝術的「真實」，這種以退為進的藝術手法，反而將中國古代書畫的山寨版分身躍上了當代藝術的舞台。 近年則從事觀念藝術及互動影像藝術創作，亦有許多兼具傳統及當代思潮的創作，是集館長、院長、大學教授、藝評人、環保運動者與藝術家多重身分於一身的全方位人物，其豐富、多重拼貼的無厘頭創作，反映在其個性、作為與發想過程中。

2015年2月1日，倪再沁病逝於高雄醫學大學附設中和紀念醫院，享年59歲。
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