本次整理以世本為底本,唐僧家世部分以明刊《唐三藏西游釋厄傳》(簡稱「朱本」)為底本。底本的缺文和明顯的訛誤首依明刊《鼎鍥京本全像西游記》(簡稱「楊閩齋本」)、明刊《李卓吾先生批評西游記》(簡稱「李本」)、《新刻增補批評全像西游記》(簡稱「閩齋堂本」),諸本間差異又難以裁奪的,又比對了明刊朱本和明刊楊致和的《西游記傳》(簡稱楊本);次參清刊本《新說西游記》(簡稱「新說本」),並在回末的《校記》中逐一注明。鑒於 「人文本」的廣泛影響,就其所作的勘誤也在各回的校記中注出。底本、參校本等相互抵牾、又皆不能允當者,再依次比對清刊《西游證道書》(簡稱「證道書」)、《西游真詮》(簡稱「真詮」)、《西游原旨》(簡稱「原旨」)等,作出准確的選擇。
通過反復的比對和斟酌,出注8356條。如本書仍有選擇不當者,由於現存所有《西游記》善本的相關信息皆一一呈現於校記中,出版者、學者乃至讀者可以不經檢索,重新作出更好的判斷。期望為《西游記》的不斷完善提供准確可靠的文獻依據;為研究者、讀者省卻翻檢之勞。