《淨明忠孝全書》是淨明道的基本典籍。元代黃元吉及其弟子編著。有關淨明教義、方術及主要傳人生平與活動事蹟具載於此。全書六卷,《正統道藏》收入太平部。卷一收淨明道祖師及傳人傳記七篇(張氳、胡慧超、郭璞、劉玉、黃元吉、徐異),是研究淨明道創教及傳承的主要資料。卷三至卷五收錄劉玉語錄計七十五條,每卷二十五條。以問答形式寫成,為劉玉向弟子傳教之言論彙集。卷六《中黃先生問答》,收錄黃元吉闡釋淨明忠孝教義之言論凡十三條。
本書主要有兩個本子,一是道藏本,另一個是日本內閣文庫藏景泰三年邵以正序刊本。此次整理,以道藏本為底本,一方面因為這個本子是明代編刊道藏時定型而為明代淨明派以外的道教人士所認知的本子,另一方面也因為這個本子本身雖然有缺失,但確實保持了元刊本的一些基本形態,並且又是為道教研究界所長期使用和認知的本子。
而校本則選擇日本內閣文庫藏景泰三年邵以正序刊本。日本藏本是經過明代淨明派宗派意識調整的本子,比如一方面將傳記部分前置以標宗派,另一方面又增加了邵以正自己的祖、師,即趙宜真、劉淵然二位宗師的傳記,這些情況當然反映明代淨明派的實際文獻情況,但顯然不是元代刊本的形態。在處理這一部分新增傳記內容時,計畫校以有關碑刻、墓誌,並以附錄形式予以收入;日本藏本保留的許遜等人圖像及像讃,許遜等人應源出元刊,但為道藏本所缺,趙、劉二人圖像則是新增,計畫將有關圖像整體以附錄形式予以收入;日本藏本中保存的洪武及景泰諸序,應可反映該書的傳刻情況,也將作為附錄收入。另外,日本藏本保留了部分傳記的作者,每卷所題書名及編者也與道藏本有所差異,則視情況增補於當卷、當文之下,或僅出校記說明。