《杜工部詩集輯注》是朱氏一部力作。朱氏於該書卷前“自識”雲:“愚素好讀杜,得蔡夢弼草堂本點校之,會萃群書,參伍眾說,名為輯注。”順治十二年冬,朱氏應謙益之邀前往坐館,其間,出示輯注初稿求正。謙益閱罷認可,並且拿出自己所箋注的吳若本及九家注,“命之合抄,益廣搜羅,詳加考核”,二人“朝夕質疑”。順治十四年冬,朱氏完成二稿,請謙益作序,謙益在“未見成書”的情況下,寫了序言。幾年之後,至康熙元年,朱氏又來錢家坐館,將成書出示就正。謙益閱罷,甚為不滿,主要原因當是成書未能採納其某些見解,如朱氏所言:“先生謂所見頗有不同,不若兩行其書。”如此,兩注分而欲合,合而複分,終於各刊其書。乃知學術之爭,是為學人拒絕苟且、寸步不讓之事業。
《杜工部詩集輯注》共計二十三卷,其中詩二十卷、文賦二卷、集外詩一卷。共計收詩1457首,文賦23篇(對於杜甫文賦的注釋,朱本首開其端)。同其它注本相比較,朱本“于經史典故及地裡職官,考據分明。其刪汰猥雜,皆有廓清之功。”(仇兆鼇《杜詩詳注》)這與朱鶴齡精于經史典故、職官制度及地理學研究有密切關係。