《玄隱遺密》由《九真要》《九常記》《黃帝內經》(太乙版)《陰陽大論》四部分組成。皆是以自然現象、天地形物的變化來探究、闡釋人體臟腑功能,用天地之理講醫學、講人體的古典醫學。皆是在道家、道教醫學人士中,主要以口口相傳、師徒相傳的形式保存下來,至今未有刊行。
其中《黃帝內經》與現在通行本有很大的不同,無論是篇幅、內容,環是理論觀點都有頗多差異。再如《九常記》所論之臟腑,是中醫臟器學的開始,是五臟六腑說形成之前對認識的雛形。學習研究該書,可以使讀者知曉在現在通行的中醫理論學說之外,不同的學說和認識。