全書分上中下三編。上編五章:第一、二章,站在宮廷上層的視角,看待晚明佛教復興的機緣與措施,兼論上層政治、外來文化對晚明佛教的影響。第三、四章,從高僧對上層回饋的角度,探討晚明高僧群體在與上層交往中經歷的政治爭端與各自的歸宿。第五章,附以清易代之際的高僧蒼雪讀徹的交遊,展示其與乃師乃祖擁有相似的清流意識。中編三章:嘗試將視角轉向士大夫與僧眾互動,討論晚明佛教復興中僧俗共舉最為重要的事業——《嘉興藏》刊刻的過程、經歷人事及五臺山經場的歸宿,及其交遊中體現出的政治與現實的去向。下編四章:第一章,解構既有晚明史敘述中的“四高僧”觀念,重新開展對晚明佛教史的探討。第二章,討論士大夫的本土宗教尤其是民間信仰的成分,第三章,以實例證明晚明佛教復興中漢藏佛教交流的生動表現,第四章,討論近世佛教傳統中的晚明漢藏佛教更多的細節,還原被世人所忽略的“周邊”與“主流”:藏傳佛教的元素的影響與表現。