以叢書集成初編所有擬目－大陸時期已出部份及有目無書者－全部配補，冀成完璧，以罕見、實用百衲本為主，別為普通、專科、地方三類叢書，其罕見者有元刊－濟生拔萃；明刊－范氏奇書、今獻彙言、百陵學山、兩京遺編、三代遺書、夷門廣牘、記錄彙編、天都閣藏書等；清刊－學海類編、學津討原等；雖間有殘佚，然皆海內唯一存本；至於武英殿聚珍版，知不足齋、粵雅堂、海山仙館、墨海金壺、借月山房、史學、畿輔、金華等清代鉅製，至於儒學警語、百川學海、陽山顧氏文房、古今說海、歷代小史、古今逸史、子彙、稗海、秘冊彙函、稗乘、寶顏堂秘笈、漢魏叢書、唐宋叢書、津逮秘書、詩詞雜俎、秘書二十一種、正誼堂全書、聚珍版叢書、抱經堂叢書、奇晉齋叢書、硯雲甲乙編、龍威秘書、藝海珠塵、經訓堂叢書、貸園叢書、雅雨堂叢書、函海、汗筠齋叢書、讀畫齋叢書、拜經樓叢書、岱南閣叢書、平津館叢書、文選樓叢書、士禮居叢書、二酉堂叢書、澤古齋叢鈔、守山閣叢書、珠叢別錄、指海、湖海樓叢書、得月簃叢書、宜稼堂叢書、十種古逸書、惜陰軒叢書、連筠簃叢書、續知不足齋叢書、別下齋叢書、涉聞梓舊、琳琅秘室叢書、十萬卷樓叢書、天壤閣叢書、滂喜齋叢書、功順堂叢書、咫進齋叢書、仰視千七百十九鶴齋叢書、後知不足齋叢書、式訓堂叢書、古逸叢書、鐵華館叢書、漸西村舍叢書、榆園叢刻、靈鶼閣叢書、佚存叢書、經苑、古經解彙函、五雅全書、小學彙函、許學叢書、問影樓輿地叢書、八史經籍志、古今醫統正脈全書、欣賞編、武經七書、嶺南遺書、湖北叢書、豫章叢書、鹽邑志林、涇川叢書、金陵叢刻等共計一百部，皆為研究國學讀者，可謂實用；並將版面重新調整，以新編排四合一版者為主，而有目無書則使用原刻本九合一版者為輔，俾於降低成本，售價大眾化為目的，輯為「叢書集成新編」初集，綜計所選叢書百部僅收到清代以前彙刻諸叢書，實存約四千一百種，得約二萬卷，都為十萬頁左右，依中外圖書統一分類法重新排比順序將編印叢書總目，分類目錄，書名和作者索引彙刊一冊，凡購買新編一部者即贈此索引乙本，以便學者查索。
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