武藤遊戲是一個就讀童實野高中的普通學生。有一天,他從開玩具店的爺爺手中,得到了一個奇特的「千年積木」,據說完成這個千年積木的人,就可以許一個願望,而遊戲的願望,就是要一個永遠陪在身邊、不會背叛的好朋友。在遊戲的耐心之下,終於將千年積木完成了。就在完成的同時,遊戲的體內也出現了另外一個人格,第二個遊戲不但充滿自信,也擁有不可思議的力量。靠著另一個人格的幫忙,遊戲渡過了許多的難關,也擊潰了許多卑鄙的敵人。
期間,遊戲不但因為「青眼白龍」這張遊戲卡片而與海馬瀨人結下了不解之緣,也因為他身上的「千年積木」,而遇到各種不同千年神器,其中有千年鑰匙和千年天秤的夏迪,千年輪的貘良,千年眼的貝卡斯,千年首飾的伊西絲,以及最後的千年神器,千年錫杖的馬利克。他們有的給予遊戲試鍊,有的跟遊戲作對,也有的是給予遊戲協助。在歷經多場的戰鬥之後,遊戲終於取得傳說中的三張神之卡,確認另一個遊戲的真實身分,就是三千年前的無名法老王。為了尋找他真正的名字,遊戲前往三千年前的世界,尋找他失落的記憶。然而,三千年前的世界卻讓遊戲大為震驚,因為服侍法老王的六神官當中的瑟特神官,居然酷似他的宿敵.海馬瀨人…