羅馬天主教「圖爾會議」（Council of Tours）於1163年表明：「教會痛恨血腥。」這份聲明跟憐憫當時遭受嚴重宗教迫害的「卡特里派異端」（Cathar）無關，宗教法庭只會把被定罪的犯人交給世俗統治者執行處決。不過，這份聲明是否也如某些人所稱，可視為中世紀劃分「虔敬的內科醫師」與「滿手血腥的外科醫師」最重要的源頭？就在此刻，把外科視為醫學學問一支的古典看法分崩瓦解；但外科史學家懷疑並反駁，認為外科與醫學分家乃是更廣泛的經濟與智識現狀所致。
十二、十三世紀，歐洲各地紛紛成立大學，其中包括巴黎、牛津、劍橋、波隆那與帕多瓦。跟哲學、神學家競爭學術地位的醫學教授，自此也愈來愈熱衷於將醫藥的博學與外科純機械式的技藝區隔開來。同一時間，各大城小鎮也亟需尋找解決方案，治理城內競爭日益激烈的商業行為。由經驗老道的商人或工匠組成的「行會」被授與特權，壟斷生意，同時以訓練學徒、維持行規為回報。1368∼69年間，於倫敦成立的「外科學會」（Fellowship of Surgeons）即為一例（不過直至1435年為止，該學會僅有十七名成員）。以人數來看，城裡的外科醫師一般都比滿腹經綸的內科醫師來得多，加入行會者也多半是兼做外科的理髮師（如1540年由倫敦外科醫師與理髮師共同組成的「理髮外科公會」［Company of Barber-Surgeons］）。這群看似詭異的盟友其實反映理髮師與外科醫師頗為實際的關聯：兩者都會用到鋒利的器具，且都在顧客身體外部做功夫。
至此，大家對於中世紀的醫療場景或階級意涵，應能掌握大概的輪廓；博學的內科醫師來自學院、為富人服務，都市行會的理髮外科醫師則服務中下階級。這一頁外科史顯然與十八、十九世紀外科醫師描述其豐功偉業的版本相反，不過，這個版本準確度多高呢？首先，你也許注意到了，這個情景大多發生在歐洲北部。作風較獨立、較不受教會控制的義大利、西班牙、南法等地的大學已發展出自己的「理論外科」傳統（theoretical surgery），與德、英「理髮師兼外科醫師」、著重行會實務經驗的體系截然不同。「理論外科」受希臘羅馬與阿拉伯醫藥著作滋養（其中包括蓋倫樹立的外科典範），採用與大學醫學系統相同的「體液法則」（humoral principles）；同時也開始建立屬於自己的學術圖書館。約莫1225年，南義的薩萊諾醫學校（Salerno medical school）編纂了班貝格（Bamberg）某匿名外科醫師所寫的著作（亦是目前已知西方最早的外科論文）執行外科手術。
即使在歐洲北部，現存文獻亦顯示內科醫師與外科醫師之間的分野可能是模糊的。英國布里斯托與諾維奇各自成立結合醫學、外科、理髮師的聯合行會，這可能是繁忙的中世紀港口城市因應包羅萬象的臨床工作的結果。同一時間，格洛斯特公爵（Humphrey, Duke of Gloucester）的內科醫師、後來成為牛津大學校長的吉伯特．基默（Gilbert Kymer）帶領一群內外科醫師向倫敦市長請願，希望成立一所掌理倫敦所有醫療實務工作的聯合學院。雖然基默的學院在1423年獲特許成立，卻迅速從歷史中銷聲匿跡；若連同其他類似案例來看，顯然這種「專業領域模糊處理」的方式可能導致內部成員因爭奪優先地位而引發爭端。1210年成立於巴黎的聖科姆學院（College de St Cosme）採取內外科醫師合組學系、共同管理一套融合實際操作與理論教育的學程計畫，授與學生三種層級的證書。然而，在聖科姆成立的最初幾個世紀，學院幾乎被學系成員、巴黎理髮師、外科醫師之間的爭執搞得四分五裂，導火線則是選讀不同學位的學生彼此交惡。就在學院將解剖學納入課程之際（主要由內科醫師主持，但實際執行者是外科醫師），這類衝突終於發展到最高峰；一直到1516年才終於止息。
聖科姆的緊張狀態之所以解除，部分原因或可歸咎於內外科醫師有了共同的敵人：一群不服膺學院與行會體系、恣意執行醫療與手術工作的傢伙。倫敦外科醫師湯瑪斯．蓋爾（Thomas Gale）略帶攻擊性地稱這群人是「公開殺人者」、「粗魯的江湖術士」（rude empirikes）。這群沒有執照的大夫並非各個都如蓋爾描述的那般草菅人命，他們有些只執行單一手術，如摘除尿路結石或清除白內障，而且技術或是不可思議地精良或是極差，但他們提供具實際威脅性的反面教材，讓內外科醫師能進一步主張他們在專業上的正統與權威。克里斯多佛．勞倫斯（Christopher Lawrence）與維維安．紐頓（Vivian Nutton）也認為，由於史學家把焦點放在內外科醫師之間的衝突，以致忽略了聖科姆試圖引導雙方成員將所學與文藝復興人本主義相互連結的方式與努力。喬叟筆下的內科醫師（Doctour of Physik）是「可執行內科醫療與外科手術的人」（另外還懂占星術和「自然魔法」magik naturel）；在他1363年完成的《偉大的外科手術》（Chirurgia Magna）一書中，法國外科醫師喬利亞克（Guy de Chauliac）率先以人本主義觀點定義外科醫師：
翻閱那個時代保存下來的外科病歷簿，即可得到一幅鮮明的印象，揣測當時的外科醫師可能面對哪些棘手外傷：從馬背上跌下來、失火導致嚴重燒傷、磨坊機械或沉重車輪造成的恐怖創傷，以及年輕人最常見的、因打鬥或暴動或戰爭造成的骨折、挫傷或撕裂傷。不過，理髮兼外科醫師的店鋪並非唯一會照料這些傷患的地點。從十二世紀開始，醫院（就和大學一樣是天主教會成立的）也逐漸在全歐各地出現。亨利八世解散修道院之前，光是倫敦就設有兩百多間教會醫院；有些規模小到頂多在禮拜堂擺上幾張病床，再搭配幾名僧侶或修女。其餘如倫敦聖巴托羅謬醫院（St. Bartholomew）、巴黎主宮醫院（Hôtel-Dieu de Paris）、佛羅倫斯新聖母醫院（Sta Maria Nuova）則是規模更大、更有錢、可獨立營運的機構，服務所在的城市。到了十六世紀，負責照顧病患靈魂的教士和照料病患肉體的外科醫師一起合作。
羅馬天主教「圖爾會議」（Council of Tours）於1163年表明：「教會痛恨血腥。」這份聲明跟憐憫當時遭受嚴重宗教迫害的「卡特里派異端」（Cathar）無關，宗教法庭只會把被定罪的犯人交給世俗統治者執行處決。不過，這份聲明是否也如某些人所稱，可視為中世紀劃分「虔敬的內科醫師」與「滿手血腥的外科醫師」最重要的源頭？就在此刻，把外科視為醫學學問一支的古典看法分崩瓦解；但外科史學家懷疑並反駁，認為外科與醫學分家乃是更廣泛的經濟與智識現狀所致。
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