藏傳因明學理論
「因」指推理論的依據，理由：「明」即知識和智慧之義。印度古因明以「宗」、「因」、「喻」、「合」、「結」五支組成推理論式：新因明由「宗」、「因」、「喻」三支組成推理論式。這是陳那所改的，由此簡化了因明論式。他用九句「因」檢查因的正確與錯誤。進一步明確因三相的內容與形式，使宗、因、喻之間形成必然的邏輯聯繫。在喻支中區分為喻體與喻依，使同喻體與異喻體之間形成換質換位的關係。此三支因明的「宗」相當於形式邏輯的「結論」，「因」相當於大前提，喻為「小前提」。藏傳因明學即是先把結論提出來，然後再一步步去論證，因明論疏中三支論式的一般用例如下：
宗：聲是無常（語聲是無常的），因：所作性故（因為是造出來的），同喻：謂若所作，見彼無常，譬如瓶等。異喻：謂若是常，見非所作，如虛空等。在三支論式中，因是最重要的，故稱因明。因明學包括：邏輯學和認識論《量論》兩部份。邏輯部分研究邏輯規則和邏輯錯誤。邏輯規則是關於宗、因、喻三支及其相互關係的規定，主要有因三相，九句因，合與離等。邏輯稱錯誤為「似」或過失論，包括九過、四十四過、喻十過。認識論部分研究現量、比量。漢傳因明傳承的是陳那的理論，藏傳以傳授法稱著作為主。法稱在邏輯原理方面，完全接受陳那的因三相學說，而在邏輯和客觀事物之間的關係方面有不同的看法。在論式方面，對三支比量也有所更改。法稱以為，為他比量可以兩種論式，一是具同法喻式，二是具異法喻式。這和陳那的同異二喻體依共為一個喻支已是不同了。法稱在三相之外，又將三相正因分為三種，即不可得比量因，自性比量因、果比量因。法稱對「自性比量因」又分為三或四種，分別加以解說。其解說往往依據外物所具事理以論證是非，這和陳那純用邏輯形式以論證是非頗為不同。多從簡約而變換其論式，頗具實在論的氣息。外境實有義為陳那所拒，而為法稱所採用，這一點遂成為陳那量論與法稱量論彼此不同之由來，也成為漢傳與藏傳因明彼此相異之根源。
漢傳因明學
漢傳因明學，即是以陳那的《正理門論》與商羯羅主的《入正理論》為依據，以能立能破為重點，以三支論式和三十三過為主要內容，至於現量、比量，則擺在必要地位。漢傳因明中闡述的三支論式謂宗、因、喻。喻包括同喻、異喻。三支論式的根據是因三相（即遍是宗法性，同品定有性，異品遍無性。）因三相的來源是九句因。陳那所創的「九句因」、「因三相」為核心的因明論式，正是一個帶有濃厚辯論色彩的注重形式的邏輯體系。
陳那和法稱在因明學方面之所以有不同之處，是因為所許的宗派各異。陳那是主張唯識宗的唯識無境義，他認為識外事物都是遍計所執，本身超不出虛妄分別。常人的識，即以虛妄分別為體性，故又稱識之相分。本身是識而又呈現似為外境之相，故稱為似境，似境自然非真境相，此識中之似境相為「所量」，能取相者，即識中之能了知似境相之知，似境相為所知或所取，此知為能知或能取，故又稱為見分，即能了似境相之知，亦即「能量」。自證者，通稱自證分，此「自」指知，此知能自知，名為自證。自證分能證知見分，而見分帶有相分，自證分對能知之知所知能有明確的知，這個知就是量果。由於它本身也是知，而又能知知，為區別於只能了知似境相之知，故名自證，這就作三分說，三分說，即相分、見分、自證分。
陳那主要著作有《集量論》及《正理門論》。
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