抗戰爆發,軍事委員會為適應戰局,劃分全國各接戰地帶,實行戰區制度,閻錫山於民國26年8月11日就任第二戰區司令長官,統率山西軍民對抗日軍侵略,雖軍力落差,山西泰半淪陷,但閻錫山幾乎都坐鎮在司令長官部。
抗戰勝利後,閻錫山回到太原接受日本投降,擔任山西省政府主席、太原綏靖公署主任。民國38年6月,在風雨飄搖中接任行政院院長,並兼任國防部部長,從廣州、重慶、成都到臺北,締造個人政治生涯高峰。民國39年3月,蔣中正總統復行視事,政局穩定後,率內閣總辭,交棒給陳誠。
閻錫山一向重視個人資料之庋藏,不只廣為蒐集,且善加整理保存。其個人檔案於民國60年移交國史館以專檔保存,內容包括「要電錄存」、「各方往來電文」、日記及雜件等,均屬民國歷史重要研究材料。
民國歷史文化學社致力於民國史史料的編纂與出版,近年得悉閻錫山在臺北故居存有閻錫山先生親筆著作、抗戰史料、山西建設史料等豐富典藏,對重構民國時期山西省政輪廓,尤見助益。承臺北市政府文化局與閻伯川紀念會之授權,首先獲得機會出版「閻錫山故居所藏第二戰區史料」叢書,內容包含抗戰時期第二戰區重要戰役經過、第二戰區的經營、第二戰區重要人物錄、第二戰區為國犧牲軍民紀實,以及第二戰區八年的大事記等,均屬研究第二戰區與華北戰場的基本重要資料。
《第二戰區抗戰要役紀》收錄閻錫山故居庋藏「第二戰區抗戰要役紀」第一集與第二集初稿,由許預甲所編纂。書中內容,起自民國26年8月的南口會戰,終至民國29年中的第三次晉東南會戰,為第二戰區作為華北堡壘、西北屏障,於抗戰初、中期,以晉綏軍為本體,搭配空軍、西北軍、中央軍、第十八集團軍等部隊,完成支持華北、保障西北、掩護西南的四個階段作戰任務。