利用洞窟內現存畫面、被揭取的壁畫(包括已毀但有圖像傳世的部分),以及洞窟內清理出的木板畫等材料,參考早期的考察記錄.將壁畫放置在洞窟的建築空間里來進行考察,試圖還原壁畫在石窟寺整體中所扮演的角色,結合對龜茲佛學與部派演變的認識,將圖像程序與圖像功能確立為分期的首要標準。同時對圖像結構與裝飾母題、壁畫風格與繪制技法的發展演變進行關注。在年代方面,圍繞一些經多方研究得到普遍認同的樣本窟,推斷出每期壁畫大致的絕對時間。
此外,還借助于洞窟組合、打破關系、重繪現象等方面的石窟寺考古成果,關心碳十四年代測定數據,采用壁畫榜題的識讀成果,重視與龜茲地區的其他石窟以及龜茲周邊的佛教文化藝術中心(如以東的焉者、高昌、敦煌與以西的巴米揚石窟)進行對照比較。由此,將克孜爾石窟壁畫的主要繪制時段分為以下四個時期第一期(4世紀晚期至5世紀中葉)、第二期(5世紀中葉至6世紀中葉)、第三期(6世紀中葉至7世紀上半葉)、第四期(7世紀中期)。