《五世達賴喇嘛傳》的第二函,計分上、下兩冊共十九節,記述了五世達賴喇嘛從1666年到1676年的十年間的事跡。這期間對五世達賴喇嘛從1666年到1676年的十年間的事跡。這期間對五世達賴喇嘛來說,是他鞏固和發展自己的政治和宗教權威的重要時期。在他和固始汗1653年取得清朝皇帝的冊封之後不久,固始汗和四世班禪繼去世,西藏的政治和宗教領袖,唯五世達賴喇嘛碩果僅存,為各方希望所繫,他透過掌握第巴的任命權和影響力以及碩特部汗王的繼承,逐步集中了西藏的政教權力,成為西藏至高無上的政教領袖。
本第二函書中,並詳細記載了第巴的任命和就職,以及碩特汗王的繼位和慶典等,反映了西藏當時平靜的權力轉移過程。而這些歷史的演進,在清朝的檔案和其他的史籍中都沒有記載,更加凸現出《五世達賴喇嘛傳》史料的珍貴價值。本書上、下冊的內容,還涉及當時新興的甘丹頗章政權,維修寺院、發展文化、吸納各個地方的僧俗勢力,參與西藏的政教管理等重要內容。
正是這一時期,五世達賴喇嘛的政教活動,為以後的曆世達賴喇嘛的地位,奠定了難以動搖的根基,所以被後人稱為「阿巴欽波」,即「偉大的五世」。因此,對研究西藏此一時期的重要歷史和歷代達賴喇嘛歷史的人而言,乃至對於格魯派的信徒來說,本冊的內容都是不可不讀的史料。